Ответ на коммент @Uncolo, который показался слишком длинный для коммента
#comment_352626133

Часть 1 Есть Зион. Никто из его жителей точно не знает когда он был построен, они просто там живут. Началось все с первого избранного, который спас первых из людей от рабства машин, машинам такая радость не нравится - и они время от времени пытаются убить отщепенцев. В Зионе есть флот, который высвобождает людей(в основном детей) из матрицы - и все участники этой аферы ходят время от времени к Пифии. И вот Пифия говорит что есть спаситель(потом узнают что это Нео) - он закончит войну. Морфиус спасает Нео, рассказывает ему что тут и как, тренирует, а потом Нео спасает Морфиуса, сам при этом гибнет, но вдруг воскресает и убивает Агента Смита. На этом финал 1-й части.

Часть 2 - агент Смит не может умереть, так как он программа. По правилам после случившегося в Матрице он должен отправится к источнику-главному компьютеру. Но он бунтует и остается в матрице + находит способ самокопирования, но клоны сохраняют в себе личность зараженного. Осознав что он дохуя Веном он начинает заражать все сущее, в том числе одного члена экипажа корабля с Зиона.
Нео идет к Пифии - та ему говорит мол бери манатки и пиздуй к источнику - так закончишь войну. Но не все так просто, в соло не вывезешь.
В это время в Зионе узнают что машины роют землю, их там дохрена и они гарантированно всех перебьют. Собирается совет капитанов, обсуждается план что же делать с этой залупой.
Нео и КО превозмогая трудности мчаться к своему предназначению, успешно добирается до комнаты с телевизорами и дедом. А теперь внимание, цимес 2 части:
Главный компьютер говорит мол Нео, такие дела - ты действительно избранный - но суть твоя не в том, что ты всех спасешь. Все умрут и так, а твоя задача - выбрать из матрицы 16 женщин и 7 мужчин которые отстроят Зион заново и расплодятся там. Когда я захватил человечество - я сделал им виртуальный рай - но они не приняли его. Тогда я понял что людям нужны страдания - но вот загвоздка, написать все гладенько у меня не вышло как бы я не старался - и ты, Нео, и есть тот изъян в коде, часть уравнения, которую я решить не смог - собственно потому ты творишь то, что творишь. Кстати мы с Пифией сотрудничаем, она вела твою судьбу так, чтоб ты сюда пришел. А, да, я устраиваю геноцид уже в 6 раз. Но ты влюблен в Тринити - потому выбирай сам - либо ты действуешь как я сказал - либо я убью вообще всех. На издержки мне плевать. Нео выбирает вариант спасения Тринити и гибели всего человечества.

Часть 3
Флот Зиона распидорасило в заварушке с жнецами машинами. Из всего флота осталось 2 корабля. Хоть и план был хорош - но машины их поджидали, будто их кто-то предупредил. А предупредил их Плохиш-Смит в теле человека. Нео идет к Пифии в последний раз - та, понимая всю скверность ситуации, говорит что нужно таки пиздячить в главную серверную ногами. Нео забирает один из кораблей, летит в серверную, пока Зион там держит последний рубеж. Прилетев туда, он говорит главному компьютеру - мол чел, там в Матрице агент Смит и только. Больше никого - только Смит. А это не нужно ни тебе ни мне. Давай так - я его ебну - а ты за это мир подпишешь. Начинается длинная эпичная драка, в которой Нео бьется с Смитом-Пифией. Под конец Смит такой "Да, да! Я этот момент предвидел! Я вот тут стою, а вы повержены!" - сам охуевает от своих слов - Нео понимает что все идет по плану - сдается - становится Смитом, и через него главный компьютер чистит от Смита все сущее и подписывает мир. Хэппи энд, небо, радуга, и Пифия на лавочке.

Все, описанное выше говорится прямым текстом в фильме. Я не рассказывал о домыслах, подтекстах, скрытых смыслах и синих занавесках